MICROBIOLOGIA Y BACTERIOLOGÍA

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jueves, 31 de octubre de 2013

CURSOS DE MICROBIOLOGÍA DEL IRTA

  Os adjunto una jornada y un curso de interés que va a desarrollar próximamente el IRTA. La jornada es gratuita y el curso es económico.

Jornada sobre el Campylobacter: de la granja a la mesa el 7 de noviembre Enlace:http://www.irta.cat/es-ES/RIT/Noticies/Paginas/Jornada_campylobacter.aspx

Curso sobre microbiología de la carne y los productos cárnicos el 5-7-12-14 y 19 de noviembre






lunes, 28 de octubre de 2013

ECTOPARÁSITOS: CTENOCEPHALIDES CANIS Y PULEX IRRITANS

Los parásitos pueden ser vectores de enfermedades, en este caso la pulga del perro y la pulga común.
Su desinsectación puede ser compleja, ya que son portadas por los animales, pueden permanecer en instalaciones y una que las diferencia con mucho de las moscas, sus huevos permanecen viables durante mucho tiempo, más de un año. Se debe tratar con baños a los animales que llegan con un adulticida piretroide (de baja toxicidad). Así como la instalación con una combinación mixta (dos productos que sean compatibles), adulticida-larvicida, hasta una altura en las paredes de más de 1 metro. El tratamiento debe ser exahustivo en grietas y agujeros donde pueden existir huevos.
Os adjunto unas fotos.









miércoles, 16 de octubre de 2013

CONTROL MICROBIOLÓGICO DE CANALES DE OVINO Y BOVINO.

Para el autocontrol de canales en sus parámetros microbiológicos, según directivas ya citadas en otros posts, se puede emplear distintos tipos de placas, siempre que se utilice un método validado. Nusotros , aunque su coste era un poco superior, pero por su elevada estabilidad, sencillez de manejo, ahorro de espacio y elavadas prestaciones al hacer interconparaciones utilizamos Petrifilm 3M. En canales aerobios totales, enterobacterias, coliformes, E.coli y S.aureus. Salmonella ya comenté el buen uso de SMS.
En canales, usando método destructivo, sobretodo aerobios totales y enterobacterias. En intercomparaciones externas nos dieron bueníssmos resultados en el contros de superficies con una métodología recomendada por el fabricante. Los métodos son validados por AFNOR como protocolos:
 34-7042-1562-2 / 34-7042-9079-9.





PLACAS DE AEROMONAS HIDROPHYLA Y PSEUDOMONAS CEPACIA.

A. hydrophila es pariente cercano a G.Vibrio ( productor del cólera) aislada como si nombre indica en muestras de agua fundamentalmente.Crece en agar sangre , MacConkey, siendo lactosa negativa, oxidasa + y catalasa+. En las fotos se ve bien la beta-hemólisis. Anaerobia facultativa.





 Burkholderia cepacia es una antigua Pseudomona, crece en agar sangre y MacConkey, siendo lactosa - , beta hemolítica, oxidasa + y catalasa+. Aerobia como la gran mayoria de las Pseudomonas. Esta muestra creo que fue de pulmón de cordero.

EMB.



Medio selectivo para enterobacterias en el que Eschericchia coli crece así. Es característico su color verde metalizado.








FOTOS HONGOS












FOTOS PLACAS PETRI BACTERIA GÉNERO PASTEURELLA

Este género (Pasteurella) es característico en enfermedades respiratorias de pequeños rumiantes, antes contaba con al menos tres especies de interés en patología ovína: P.multocida, P.trehalosi y P.haemolytica. Ahora son tres géneros distintos: Pasteurella, Biberstenia y Mannhaemia.
Todas son Gram- y Oxidasa +.Pueden ser catalasa + o -.
Una característica peculiar de P.multocida es su olor peculiar, en muchos libros ponen característico. Su olor es similar al semen.
Crecen bien en aerobiosis en  agar sangre o chocolate (preferible el primero para ver si existe hemólisis) y regular o mal en agar MacConkey.
Identificación con API 20NE.



 Los halos más claros que se ven fueron las pruebas de oxidasa, catalasa, e incluso potasa realizadas sobre la misma placa. Tener en cuenta que sí las placas son de Agar sangre puede haber falsos positivos.

This genus (Pasteurella) is characteristic of respiratory diseases of small ruminants, formerly had at least three species of interest in sheep pathology: P.multocida, P.trehalosi and P. haemolytica. Now there are three different genres: Pasteurella, and Mannhaemia Biberstenia. 
All are Gram-and Oxidase +. catalase can be + or -. 
A peculiar feature is its peculiar smell P.multocida in many books put characteristic. Its odor is similar to semen. 
grow well aerobically on blood agar or chocolate (preferably the first to see if hemolysis) and fair or poor in MacConkey agar. 
Identification with API 20NE.



DETECCIÓN DE LEGIONELLA PNEUMOPHILA



El género Legionella pertenece a la familia Legionellaceae, orden Legionellales, clase Gammaproteobacteria, filo Proteobacteria. Bacilos delgados gram-negativos pleomórficos, aerobios, catalasa y oxidasa positivos. Varias especies son patógenas de humanos, la principal es L. pneumophila, otras son: L.micdadei (agente de la neumonía de Pittsburg), L.bozentanii, etc.
No se tiñe con la tinción de Gram, pero se puede observar mediante tinciones argénticas (tinción de Dieterle o Jiménez) o con inmunofluorescencia directa.
Es un parásito intracelular de amebas y otros protozoos de agua dulce, en los que utiliza un mecanismo de multiplicación intracelular similar al usado en las células del organismo humano, siendo capaz de resistir en los fagosomas de macrófagos alveolares. Es capaz de sobrevivir en un amplio intervalo de condiciones fisico-químicas, multiplicándose entre 20ºC y 45ºC, con temperatura óptima a 35-37ºC.
No crece en medios comunes pero sí en medios especiales con sales de hierro y aminoácidos, los cuales utiliza como fuente de carbón, el medio de elección es el medio BCYEα (extracto de levadura, L-cisteína, pirofosfato férrico y alfa-cetoglutarato) al que se le pueden añadir antibióticos (glicina, vancomicina, polimixina y cicloheximida) llamándose medio GVPC.
Epidemiología: Forma parte de la microbiota natural del suelo y ecosistemas acuáticos (aguas superficiales, como lagos, ríos, estanques). Desde estos reservorios naturales la bacteria puede colonizar 1os sistemas de abastecimiento de las ciudades y, a través de la red de distribución de agua, se incorpora a los sistemas de agua sanitaria (fría o caliente) u otros sistemas que requieren agua para funcionar como las torres de refrigeración. La infección se produce por la propagación de la bacteria en aerosoles producidos desde sistemas de distribución de agua potable, duchas, conductos de aire acondicionado, etc. contaminados, al aparato respiratorio. La infección puede adquirirse tanto en el ámbito comunitario como hospitalario.
Cuadros clínicos: Es el agente etiológico de la legionelosis que se presenta en dos formas clínicas diferenciadas: la infección pulmonar o Enfermedad del Legionario (neumonía por Legionella), que se caracteriza por neumonía atípica con fiebre alta, tos no productiva, cefalea, bronconeumonía, manifestaciones neurológicas, diarrea y bradicardia; y la forma no neumónica, llamada Fiebre de Pontiac, un síndrome febril agudo y de pronóstico leve.
Tratamiento de muestras:
La recogida de muestras para el aislamiento de Legionella, se establece en el ANEXO 6 del Real Decreto 865/2003, de 27 de julio, por el que se establecen los criterios higiénico-sanitarios para la prevención y control de la legionelosis. Detección de Legionella pneumophila según la Norma ISO 11731 (1998): filtrar 1L de agua de muestra a través de una rampa de filtración con un filtro de 0,22 micras de diámetro. Lavar el filtro y sembrar en agar BCYEα (parte de la muestra se descontamina por calentamiento antes de sembrar en agar BCYEα). Resembrar las colonias crecidas en agar BCYE-cys (sin L-cisteína) para comprobar la ausencia de crecimiento. Una vez comprobado esto se confirman las colonias con tinción de gram (para observar bacilos gram negativos) y tinción con anticuerpos anti-legionella pneumophila fluorescentes.
La detección y enumeración de Legionella pneumophila en aguas se basa en el hecho de que las especies del género Legionella pueden crecer en 48 horas, al menos, en agar BCYEα ("Buffered Charcoal Yeast Extract", Extracto de levadura con carbón activo tamponado) que contenga L-Cisteína y Hierro (III) formando colonias normalmente blancas y en ocasiones moradas, azules o verde lima.
1ª MUESTRA: El primer paso en la detección de Legionella consiste en la concentración de la muestra. Para ello se filtran al menos 1000 mL de agua en rampa de vacío a través de un filtro de 0,22 µm. El filtro se recoge en un matraz con 10 mL de muestra, se agita durante 30 minutos y se siembra en Agar BCYEα(con L-cisteína) por extensión en superficie.
2ª MUESTRA: Parte del filtrado (muestra concentrada) se descontamina calentándolo en baño María a 60ºC durante 3 minutos si se han tomado 0,5 mL o a 50ºC durante 30 minutos si se toman 2 mL. La muestra calentada se siembra en Agar BCYEα(con L-cisteína) y BCYE-cys (sin L-cisteína) por extensión en superficie.
Todas las placas de los medios BCYEα y BCYE-cys se incuban a 37ºC durante 15 días en atmósfera de CO2 al 4,5% lo que inhibe el crecimiento del meningococo.
Las colonias blanquecinas que aparecen se resiembran en Agar BCYEα, en Agar BCYE-cys y Agar Sangre en las mismas condiciones.

Se consideran sospechosas las colonias que crecen en Agar BCYEα pero no en Agar Sangre ni en Agar BCYE-cys.
Las colonias sospechosas se confirman mediante la tinción de Gram, la prueba de la hidrólisis del hipurato y tinción por inmunofluorescencia directa o test de aglutinación de látex.
Legionella pneumophila es un bacilo gram negativo, aunque se tiñe mal por la tinción de Gram y en ocasiones hay que recurrir a tinciones especiales como la de Giménez o Dieterle.
Legionella pneumophila, a diferencia de otras especies de Legionella hidroliza el hipurato sódico, lo que se pone de manifiesto añadiendo ninhidrina después de incubar el microorganismo en a 37ºC durante dos horas.
Tinción con anticuerpos marcados. Anticuerpo marcado con Fluoreceína adherido al bacilo Legionella.
Los detalles sobre cómo limpiar, desinfectar y mantener las instalaciones a que nos estamos refiriendo se encuentran en el informe UNE 100-030-94 "Guía para la prevención de la Legionella en instalaciones".
Otro tipo de medidas sanitarias sobre la procedencia de vigilar, controlar microbiológicamente e incluso clausurar instalaciones implicadas en la aparición de casos o brotes, son competencia de la autoridad sanitaria y han sido ampliamente desarrolladas en la reciente publicación del Ministerio de Sanidad y Consumo "Recomendaciones para la prevención y control de legionelosis" Secretaría General Técnica del Ministerio de Sanidad y Consumo. 1999. ISBN 84-7670-507-7.
Existen preparados para diferenciar el serogrupo 1 del resto (2-14). El 80% de los casos son debídos al serotipo 1 de L. pneumophila. Le siguen en orden de frecuencia los serotipos 3 y 6 de L pneumophila y L. micdadei.
En depósitos de agua caliente y fría (acumuladores, calentadores, calderas, tanques, cisternas, aljibes, pozos, etc.) se tomará aproximadamente un litro de agua de cada uno, preferiblemente de la parte baja del depósito, recogiendo, si existieran, materiales sedimentados. Medir temperatura del agua y cantidad de cloro libre y anotar.
Se tomará aproximadamente un litro de agua, recogiendo primero una pequeña cantidad (unos 100 ml), para después rascar el grifo o ducha con una torunda que se incorporará en el mismo envase y recoger el resto de agua (hasta aproximadamente un litro) arrastrando los restos del rascado. Medir temperatura del agua y cantidad de cloro libre.
En torres de refrigeración, condensadores evaporativos u otros aparatos de refrigeración que utilicen agua en su funcionamiento y generen aerosoles, se tomará aproximadamente un litro de agua de la parte baja de la torre y de la bandeja, procurando recoger restos de suciedad, incluso rascando posibles incrustaciones de la pared. Medir temperatura del agua y cantidad de cloro libre.
Dependiendo del estudio epidemiológico, se tomarán muestras de otras instalaciones como piscinas, pozos, sistemas de riego, fuentes, instalaciones termales, así como de otros equipos que “aerosolicen” agua, como nebulizadores, humidificadores o equipos de terapia personal. En estos casos el número de puntos a tomar muestra de agua dependerá del tipo de instalación y su accesibilidad, y el volumen de agua a tomar dependerá de la cantidad de agua utilizada en su funcionamiento. En cualquier caso medir temperatura y cloro.
Las muestras deberán recogerse en envases estériles, adecuados para evitar que se rompan o se vierta su contenido en el transporte, con cierre hermético, a los que se les añadirá un neutralizante (tiosulfato sódico). Deberán llegar al laboratorio lo antes posible, manteniéndose a temperatura ambiente y evitando temperaturas extremas.


  

CLASIFICACIÓN POR PRUEBAS BIOQUÍMICAS DE BACTERIAS.

A partir del cribado previo realizado con las pruebas de la entrada anterior, véase Gram, oxidasa y catalasa, así como forma de colonias y forma de las bacterias.Podemos realizar pruebas bioquímicas,  qué comen y que productos dan en su metabolismo las bacterias estudiadas y a partir de ahí saber cual es, comparandolo con las bases de datos ya existentes.
Existen muchas galerías de pruebas bioquímicas, he probado IDS, Enterutube y otras, pero a mí la que mejor resultado me ha dado han sido las conocidísimas pero también caras Galerias API. API20NE para no enterobacterias e ID32e y  20E para enterobacterias. La base de datos APIWEB es amplísima y puedes tenerla en on line o en CD. Existen sistemas bioquímicos automatizados o en su defecto PCR, pero sus precios son muy altos. En bacterias que no existen en microbiología médica (no estará en la base de datos), se debe hacer un estudio de ADN y comparar con el o los estudios bioquímicos para a partir de ahí saber qué bacteria tenemos entre manos.Así mismo con las pruebas realizadas podéis mirar el manual Bergey y saber en qué grupo encuadrarla.
 Adjunto el listado de las disponibles:


RELACIÓN DE PRODUCTOS BIOMERIEUX PARA IDENTIFICACIÓN BACTERIANA POR APIWEB: Mayo 2007.

API:
API 20A: Identificación de bacterias anaerobias (Sulfitoreductores, Clostridium, P. acnes) en 24-48 horas.25 galerías.
API CAMPY: Identificación de Campylobacter en 24 horas. 12 galerías.
API 20E: Identificación de bacilos Gram – (incluidas enterobacterias) en 24 horas. 25 galerías.
API 10S: Identificación de enterobacterias en 24 horas.
RAPID 20E: Identificación de Enterobacterias en 4 horas. 25 galerías.
API 20NE: Identificación de bacilos Gram negativos no enterobacterias, 48 horas. 25 galerías.
API NH: Identificación de Neisseria y Haemophilus en 2 horas. 10 galerías.
API 20 STREP: Identificación de estreptococos. 25 galerías.
API STAPH: Identificación de estafilococos en 24 horas. 25 galerías.
API 50CHB y API 50CHE: Identificación de Bacillus. 10 galerías.
API 50CHL: Identificación de Lactobacillus. 10 galerías.
API LISTERIA: Identificación de todas las especies del G.Listeria. 10 galerías.
API CORYNE: 12 galerías.
API 20C AUX: Identificación de levaduras en 24-48 horas.25 galerías.
API CANDIDA:
API ZYM: Investigación de actividades enzimáticos. NO PRESENTE EN CD APIWEB.
API 50CH: Investigación del metabolismo de los carbohidratos. NO PRESENTE EN CD APIWEB.

ID32:
ID 32GN: Identificación de Gram negativos en 24 horas. NO PRESENTE EN CD APIWEB.
RAPID ID 32A: Identificación de anaerobios en 4 horas. 25 galerías.
ID 32E: Identificación de enterobacterias en 24 horas. 25 galerías.
RAPID ID 32E: Enterobacterias en 4 horas. 25 galerías.
ID 32STAPH: Identificación de estafilococos en 24 horas. 25 galerías.
RAPID ID 32STREP: Identificación de estreptococos en 4 horas. 25 galerías.
ID 32C: Identificación de levaduras en 24-48 horas. 25 galerías.

viernes, 4 de octubre de 2013

TRICHINELLA SPIRALIS

En nuestro laboratorio en un principio se realizaron análisis de muestras de triquina en jabalíes para cazadores utilizando triquinoscopio y por el método de placa. Al final  utilizamos el método de digestión  y filtración por membrana, observandose las miestras al microscopio.